Родился 26 января 1963 в Сетубале. Сын футбольного вратаря и тренера Феликса Моуринью.
Начал карьеру футболистом, играл в молодёжных командах «Риу Ави», «Белененсиша», «Сезимбры» и «Комерсиу и Индустрии», но в силу различных обстоятельств переключился на тренерскую работу. Проработав ассистентом тренера молодежной футбольной команды «Бенфика», Моуринью стал ближайшим помощником Бобби Робсона. С ним он проработал несколько лет в «Спортинге», «Порту», а затем и в «Барселоне». После ухода из клуба Робсона продолжил свою работу вместе с Луи ван Галом.
В 2000 был назначен главным тренером «Бенфики». Через три месяца возглавил «Лейрию», которая под его руководством заняла пятое место в чемпионате Португалии. В 2002 заключил трёхлетний контракт с «Порту», в первый же год работы выиграв Чемпионат Португалии, Кубок Португалии и Кубок УЕФА, а во второй – Лигу чемпионов УЕФА.
В 2004 стал главным тренер «Челси», где почти за три года работы дважды выиграл Чемпионат Англии по футболу и Кубок Футбольной лиги, а также Кубок Англии по футболу. Этот титул стал первым для лондонцев за последние 50 лет.
В связи с разногласиями с владельцем «Челси» Романом Абрамовичем, Моуринью переходит в миланский «Интер». Под его руководством клуб в первом сезоне выиграл Чемпионат Италии, а в следующем – первый в истории итальянского футбола «требл» — Чемпионат Италии, Кубок Италии и впервые за 45 лет Лигу чемпионов УЕФА.
Моуринью стал третьим футбольным тренером в истории, наряду с Эрнстом Хаппелем и Оттмаром Хитцфельдом, кто смог выиграть два Кубка Чемпионов с двумя разными командами. В 2010 ему вручили награду ФИФА «лучший тренер прошедшего года».
28 мая 2010 г. назначен главным тренером мадридского «Реала». За первый год руководства Моуринью клуб выиграл Кубок Испании, который не давался ему 18 последних лет. В том же клубе добился ещё одного достижения: стал первым тренером, выходивший в полуфинал Лиги чемпионов с четырьмя разными командами.
Кавалер ордена Инфанта дона Энрике. Удостоен докторской почетной степени Лиссабонского технического университета за достижения в футболе. Владеет португальским, испанским, итальянским, английским, французским и каталанским языками. В 2010 г. занял девятое место в списке самых влиятельных людей по версии AskMen.com.
Женат, имеет сына и дочь.